หลังจาก “เอวานเกเลี่ยนปัจฉิมภาค” หลังจากการสู้รบกับเทวฑูตตัวสุดท้าย และกับองค์กรเซเล่ ชินจิได้สร้างโลกใหม่ เป็นโลกที่ทั้งร่างกายและวิญญาณของมนุษย์ทุกคนหล่อหล่อมเข้าเป็นหนึ่งเดียวกันแต่ชินจิปฏิเสธที่จะอยู่ในโลกที่ตัวเองสร้างขึ้น ไม่เพียงแค่ชินจิ อาสึกะก็ปฏิเสธที่อยู่ในโลกนั้นเพื่ออยู่กับชินจิด้วย ทำให้โลกเก่านี้มีเพียงแค่ชินจิกับอาสึกะ ทั้งสองตัดสินใจที่จะออกเดินทางไปเยอรมัน อะไรจะเกิดข…